药师琉璃光如来本愿功德经简称《药师经》。共有三个译本，分别为：一、《药师琉璃光如来本愿功德经》，一卷；二、《佛说药师如来本愿经》，一卷；三、《药师琉璃光七佛本愿功德经》，二卷。叙述佛陀因曼殊室利的启请，而为在毘舍离国乐音树下的大比丘、大菩萨、国王、大臣等，盛陈东方净琉璃世界药师如来的功德，并详述药师如来因地所发的十二大愿。如是我闻：一时薄伽梵，游化诸国，至广严城，住乐音树下，与大比丘众八千人俱，菩萨摩诃萨三万六千，及国王大臣、婆罗门居士、天龙八部、人非人等无量大众，恭敬围绕，而为说法。尔时，曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌。白言：世尊．惟愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿，殊胜功德；令诸闻者，业障消除，为欲利乐像法转时，诸有情故。尔时，世尊赞曼殊室利童子言：善哉！善哉！曼殊室利，汝以大悲劝请我说诸佛名号、本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时诸有情故。汝今谛听，极善思惟，当为汝说。曼殊室利言：唯然，愿说，我等乐闻。佛告曼殊室利：东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来、应正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。曼殊室利！彼世尊药师琉璃光如来本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界。以三十二大丈夫相、八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异。第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓；随意所趣，作诸事业。第三大愿：愿我来世得菩提时．以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中，修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒；设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞颠狂，种种病苦；闻我名已，一切皆得，端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家．贫穷多苦；我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习，诸菩萨行，速证无上正等菩提。第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之。第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。曼殊室利．是为彼世尊药师琉璃光如来应正等觉，行菩萨道时，所发十二微妙上愿。（西芝堂节选）